Obwohl er im Süden Thailands, in Malaysia, Sumatra und Borneo heimisch ist, wird der Höckerstorch mit weniger als 500 Exemplaren in freier Wildbahn häufig als „einer der seltensten Störche der Welt“ bezeichnet. In Sabah sind seine letzten bestehenden Rückzugsorte das Überschwemmungsgebiet des unteren Kinabatangan River und der umliegende Wald.
Da der Storch so selten vorkommt, ist nur wenig über ihn bekannt. Wie viele Tiere es noch gibt, ist daher unklar. Der Rückgang der Population ist allerdings auf die Entwaldung für die Holzwirtschaft, die Konstruktion von Dämmen und das Anlegen von Palmölplantagen zurückzuführen. Es kam zur Fragmentierung der verbleibenden Habitate, sodass kleine, isolierte Populationen entstanden. In Tabin-Kulamba-Kinabatangan wird der Höckerstorch momentan noch häufig gesichtet. Es könnte sich dabei allerdings um die letzte Population der Welt handeln.
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